Výkon finančnej kontroly je upravený v zákone č. 357/2015 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, ktorým sa zrušil zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. Nový zákon o finančnej kontrole a audite nadobudol účinnosť 1. januára 2016.

Finančná kontrola sa podľa zákona č. 357/2015 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov v orgánoch verejnej správy vykonáva ako základná finančná kontrola, administratívna finančná kontrola, finančná kontrola na mieste. V školách a školských zariadeniach sú vytvorené podmienky pre vykonávanie základnej finančnej kontroly a pre vykonávanie finančnej kontroly na mieste.

Škola a školské zariadenie má povinnosť vykonávať základnú finančnú kontrolu, a to vždy pri každej finančnej operácii alebo jej časti na príslušných stupňoch riadenia a má oprávnenie vykonávať finančnú kontrolu na mieste, a to v prípade, že sa riaditeľ školy/školského zariadenia rozhodne túto formu finančnej kontroly vykonať.

Škola a školské zariadenie základnou finančnou kontrolou overuje, v súlade s cieľmi finančnej kontroly a podľa povahy každej finančnej operácie alebo jej časti, jej súlad s:

• rozpočtom na príslušný rozpočtový rok,
• osobitnými predpismi,
• zmluvami uzatvorenými školou/školským zariadením,
• rozhodnutiami vydanými na základe osobitných predpisov,
• vnútornými predpismi školy/školského zariadenia,