Štátna školská inšpekcia bola zriadená zo zákona 1. januára 2000. Vo svojej činnosti je nezávislá, riadi sa všeobecne záväznými právnymi predpismi a zákonmi, predovšetkým zákonom č. 596/2003 Z. z. o štátnej správe v školstve a školskej samospráve a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, ktorý určuje jej kompetencie, obsah a rozsah činnosti.
Je rozpočtovou organizáciou so sídlom v Bratislave, jej organizačnými súčasťami sú školské inšpekčné centrá (Bratislava, Trnava, Trenčín, Nitra, Žilina, Banská Bystrica, Prešov, Košice). Štátnu školskú inšpekciu riadi hlavný školský inšpektor (v súčasnosti je hlavnou školskou inšpektorkou PaedDr. Viera Kalmárová).
V zákone č. 596/2003 Z. z. je okruh problematiky štátnej školskej inšpekcie spracovaný v ustanoveniach § 12, 13 a 13a.